Nato a Marostica (Vicenza) il 23 novembre 1553, figlio del medico Francesco, Prospero Alpini conseguì il dottorato in filosofia e medicina nello Studio di Padova il 28 agosto 1578. Nel 1580, spinto dall’esempio del suo maestro Melchiorre Guilandino (Wieland, 1520-1589), egli colse l’occasione che gli si presentò, grazie ai buoni uffici di Antonio Morosini, di accompagnare in qualità di medico il patrizio Giorgio Emo, nuovo console di Venezia al Cairo in Egitto.